Mei ve Satsuki, babalarıyla birlikte taşraya taşınırlar. Anneleri ise bir hastanede yatmaktadır. Akademisyen olan baba, uzun mesai saatleri yüzünden evden ayrı kaldığı için Satsuki hem ev işlerinin, hem de kardeşinin tüm sorumluluğunu üzerine alır. İki kardeşin yaşamı, Totoro adlı bir orman cini ile tanıştıklarında kökten değişir. Komşum Totoro, Miyazaki’nin İkinci Dünya Savaşı’ndaki deneyimlerine dair otobiyografik bir çalışmadır. O dönem Japon toplumunun yitirdiği birlik, beraberlik ve dayanışma gibi unsurlar filmde ön plana çıkmıştır.